然而，在成吉思汗死后，他指定的继承人窝阔台却不能顺利登基即位，这是因为蒙古的库里勒台制(部落议事会制度)仍然在起作用，窝阔台要继位必须等待库里勒台的最后决定。因为成吉思汗的遗命有违旧制，宗王和重要大臣们争论不休，这样使王位空缺了两年，其间由幼子拖雷监摄国政。
直到公元1229年秋天，蒙古的宗王和重要大臣们这才来举行大会，推选新的大汗。结果恪守旧制的坚决主张幼子拖雷继位，听从成吉思汗遗命的坚决主张三子窝阔台继位，宗王和重要大臣们为此争议了四十天。此时术赤已先成吉思汗六个月去世，余下蒙古国的四根支柱之一的察合台又全力支持窝阔台，拖雷顿显势单力孤，只得转而拥立兄长窝阔台即位。
公元1229年9月13日，窝阔台在拖雷、察合台、铁木格斡赤斤等宗王的拥戴下登基即位。1241年12月11日，西征中的窝阔台因酗酒而突然暴毙，在以后的五年里，蒙古帝国的大权一直掌控在他的皇后乃马真手中，直到1246年8月24日，乃马真将皇权交给窝阔台的儿子贵由继任为止。