狱中的战犯们，过去在开内阁会议或御前会议时都是同席的熟人。但是在巢鸭狱中，不论是领取饭菜还是在广场上散步，他们都有意避开东条英机。东条英机也经常把饭菜拿回单身牢房里吃。
1946年初的头几个月，监狱审问室几乎每天都在进行审问。东条英机接受特别检查团审问51次，合计124个小时。1946年4月底，为正式开庭公审的准备工作已经完毕。被指名控告的有28人，受审判的根据是以前的18年中（1928年1月1日到1945年9月2日）日本帝国主义所犯的累累侵略罪行。战犯们被分为“反对和平罪”、“杀人罪”、“通常的战争犯罪及反对人道罪”三个大组，对这三大类战犯的起诉根据共有55页。远东国际军事法庭由与日本处于交战状态的各国代表11人组成，专门负责审理日本战犯的工作。
1946年5月3日，举行第一次公审。战犯们绝大部分都不承认自己曾参加策划过的侵略阴谋及具体活动；而东条英机则与众不同，他对自己进行的一切活动承认全部责任，没有缩小自己参加的决定和行动的重要性。但是，东条英机并不认罪，相反却认为那些侵略行动是必要的和不可避免的。东条英机在法庭上供述说：“日本的大东亚政策，是由于第一次世界大战后，随着世界经济的集团化，有必要谋求近邻相互间的经济合作而提倡的。后来由于东亚的赤化和中国的排日政策，爆发了中国事变。由于美、英、苏的直接或间接的援蒋行为，形势日趋恶化，为了对抗美、英的对日压迫，日本终于不得不采取自卫行为。”这正是日本法西斯强盗们的逻辑。