天元帝逃脱以后也只是多活了几个月，他和其子天保奴在逃亡过程中被其部将（忽必烈的弟弟阿里不哥的后裔）缢杀，其部将自立为蒙古大汗，成为自忽必烈以来首位非忽必烈后裔的蒙古大汗。天元帝死后蒙古大汗不再有庙号、谥号、年号，可以说捕鱼儿海一战北元政府彻底崩溃。在此之前，北元的统治者一直以正统王朝自居，相信有朝一日能重新入主中原，而在此之后蒙古的统治者完全去除了身上的汉化痕迹，显示出他们已经彻底放弃了对中原地区主权的占有。明朝与北元经过二十余年的反复拉锯战，朱元璋终于取得了他想要的胜利，在这以后明朝与蒙古的作战再也不是新政权与前政权之间争夺合法性的战争，而降级为统一王朝应对北方游牧民族攻扰的反击。况且经过蓝玉一战，蒙古元气大伤，就连扰边都是心有余而力不足了。然而朱元璋北征的脚步并没有停止，并且北征的意义也开始发生变化。
洪武二十三年（公元1390年）正月朱元璋开始第七次北征，然而这一次北征的主帅人选却很有意思，是朱元璋的两个儿子燕王朱棣和晋王朱棢。此前的几次出征，徐达也好，李文忠、冯胜、蓝玉也罢，不是开国元勋就是百战功臣，而这一次却派了朱元璋两个儿子，虽然他们也曾跟随徐达等人出征过，但终究没有独立作战的经验，难道朱元璋不怕重蹈第二次北征的覆辙吗？一点也不怕。此次出征晋王朱棢从山西出塞，一路上压根没发现蒙古军队，转了几圈，无功而返；燕王朱棣倒是打赢了几场小仗，但也没达成什么战略性目标，总的来说第七次出征收获不大，但朱元璋还是组织了这次北征，因为自从第六次北征彻底打废北元后，朱元璋北征的目的就已经发生了质的变化。