耶稣会与一般修会不同，会士不必遁迹山林、独居苦修，不必穿僧衣，但要钻进宫廷、结交显贵，或办学校、开医院，用一切办法为天主教会服务。耶稣会主张为了达到目的不择手段，为了保卫教皇和天主教会，什么手段都可以用，如暗杀、投毒、收买和背信弃义等。在法国，它唆使狂热天主教徒刺死亨利四世（1610年）。在英国，它阴谋暗杀詹姆斯一世（1605年）。17世纪初，波兰立陶宛王国炮制两个伪底米特里（冒充沙皇伊凡四世的儿子）侵入莫斯科，都有耶稣会插手，而且第二个伪底米特里本人就是耶稣会士。耶稣会声名狼藉，许多国家先后下逐客令。1773年教皇被迫解散耶稣会，但不久又予以恢复。
耶稣会很重视在亚洲、非洲和美洲活动，为西方殖民者效劳。1540年，核心会士弗朗西斯·泽维尔（旧译方济格·沙勿略）受教皇和葡萄牙国王的派遣，先后到达印度的果阿和日本，后来病死在中国广东省珠江口外的上川岛。他是最早到达印度、日本和中国的耶稣会士。1581年（明万历十一年），意大利籍耶稣会士罗明坚、利马窦先后到澳门，并在广东肇庆建堂传教。1603年，利马窦在北京建堂传教（宣武门内之南堂），这是北京最早的天主教堂。他还结识进士徐光启、李之藻等，向神宗献自鸣钟、八音琴、三棱镜，介绍西方天文、历法、教学和军事方面的知识，对中西文化交流有积极意义。