1809年，杰斐逊再次拒绝担任总统第三任期，并永远退出政治，回到家乡蒙蒂塞洛。在那里的17年里，他运用多才多艺的天赋，成了建筑师、农民、发明家、博物学家和哲学家。在那幢漂亮的旧宅第里，仍然可以看到他装饰的小玩意儿：大厅里带转盘的风标、旋转碗碟架、坑道和个人楼梯间、能写一式两份信件的机器，以及带有炮弹式砝码的室内—室外大钟、一周中每天换一个砝码。在蒙蒂塞洛他是快乐的，尽管悲惨地失去亲人。他心爱的妻子马撒·斯克尔顿和他6个孩子中的4个已去世。然而蒙蒂塞洛对他来说依旧是毕生酷爱的地方。作为一个热情的园艺家和有技术的农民，他在水土保持和耕种方面技术是超前的，采用上述办法造起垄沟以避免土壤被雨水冲走。事实上他发明了一张很出色的犁，并引进了栓皮槠、橄榄和旱地稻等植物，把它们分发给全国各地的试验者。