第一，对康有为等宣扬的今文“三统”“三世”说开始批判。过去，章太炎同情变法，也曾一度间采今文，这时却严加抨击了。他指出，“三统迭起，不能如循环；三世渐进，不能如推毂”，并正告“今文五经之家”，“信言不美，美言不信”[9]。对康有为等“世儒”，“喜言三世以明进化”，诋为“察《公羊》所说，则据乱、升平、太平于一代而已矣。礼俗革变，机器迁讹，诚弗能于一代尽之”[10]。批判了康有为等人的历史循环论和庸俗进化论，对其基本理论加以“箴贬”。
第二，以孔子为“史家宗主”，宣扬古文经学的治学方法，想从前人思想材料中汲取营养。古文经学家是以孔子为史学家的，章太炎也说孔子“古良史也”，“孔子死，名实足以伉者，汉之刘歆”[11]，推崇孔子，推崇汉代古文经学的开创者刘歆。他“平日有修《中国通史》之志”，1902年，曾与友人多次谈及“修史”，说：“所贵乎通史者，固有二方面：一方以发明社会政治进化衰微之原理为主，则于典志见之；一方以鼓舞民气，启导方来为主，则亦必于纪传见之。”[12]认为历史不是单纯的“褒贬人物，胪叙事状”，而应“发明社会政治进化衰微之原理”；历史不是颂古非今，引导人们向后看，而应“鼓舞民气，启导方来”，引导人们向前看。在他的《中国通史略例》中，既有《革命记》《光复记》，也有《洪秀全考纪》，承认剧烈的变革。准备“熔冶哲理，以祛逐末之陋；钩汲眢深，以振墨守之惑”[13]。