生物之始，朱子亦以意言之。《语类》：“问初生第一个人时如何？曰：以气化。二五之精，合而成形，释家谓之化生。如今物之化生者甚多，如虱然。”又曰：“生物之初，阴阳之精，自凝结成两个，一牝一牡。后来却从种子渐渐生去，便是以形化。”
张子以鬼神为二气之良能，程子以鬼神为造化之迹，朱子则兼取其说。《语类》：“问：《近思录》既载鬼神者造化之迹，又载鬼神者二气之良能，似乎重了？曰：造化之迹，是日月星辰风雨之属。二气良能，是屈伸往来之理。”又曰：“且就这一身看，自会笑语，有许多聪明知识，这是如何得恁地？虚空之中，忽然有风有雨，忽然有雷有电，这是如何得恁地？这都是阴阳相感，都是鬼神。看得到这里，见得到一身只是个躯壳在这里，内外无非天地阴阳之气。如鱼之在水，外面水，便是肚里面水；鳜鱼肚里水，与鲤鱼肚里水一般。”又曰：“以二气言，则鬼者，阴之灵也；神者，阳之灵也。以一气言，则至而伸者为神，反而归者为鬼。日自午以前是神，午以后是鬼。月自初三以后是神，十六以后是鬼。草木方发生来是神，凋残衰落是鬼。人自少至壮是神，衰老是鬼。鼻息呼是神，吸是鬼。”如此，则宇宙之间，一切现象，无非鬼神矣。故曰：“以功用谓之鬼神，以妙用谓之神。”