然则，由于我们当前讨论的目的，我们关心的不是经院哲学的功绩，而是它与人格主义的根本区别。这种区别在于它的实体学说。根据经院哲学的观点，存在两种本质上不同的实体，尽管它们相互联系在一起，即物质的实体和精神的实体。由于人们设定实体的意思是自身存在的东西，因此这一观念来自“从不稳定的平衡开始”。但只有不考虑上帝时，物质和精神才能被当作实体。但是上帝永在。为了说明这一点，圣托马斯把上帝称为“超实体的”。笛卡儿更加明确，他追随苏瓦兹区分了完全的实体与不完全的实体，认为灵魂和肉体都是不完全的实体。然而“不完全的实体”几乎无法认为是自身存在的东西，所以它实际上与实体的观念相矛盾。所以斯宾诺莎很自然地得出结论：上帝或自然是惟一的实体。同时洛克指出经院哲学的实体概念是无法定义的，它指的是“我知道，但不知道是什么”。
对这个问题，人格主义提出的批判有两层意思：（1）实体的概念，即使是精神的实体，是实在论的；它超越了一切能被经验的事物，转而诉诸一种隐藏在经验下或远离经验的、永恒的、独立的东西。人格主义者认为这种实体是无法证实的；经验中找不到与它相似的东西。（2）经院哲学断言物质实体的存在，这种看法在常识的意义上可以接受，但物质实体在自然中甚至比精神实体更无法证明，更加虚幻。一切证明都出现在有意识的经验中，也只有在有意识的经验中才能找到真实的证据。人格主义由于驱逐了传统的实体观念，从而避免了坠入经院主义的语词之网，在个人的自我经验、记忆、预见中找到了通向独立性和永恒性的钥匙。通过把自然解释为与人类相互影响并支持人类的“宇宙人格”的经验，人格主义者避免了“分割自然”，避免了两种完全不同的实体如何相互作用的奥秘。经院哲学的实在论发明了不可经验的实体来解释经验。人格主义认为，“永恒的人格”的经验可以解释和补充人的经验。