一是黄巢兵败遂自杀然而未果，最后请外甥林言帮助结束生命。《新唐书·黄巢传》如此记载说，时溥派遣陈景瑜与尚让追战黄巢至狼虎谷，黄巢计穷，对林言说：“我欲讨国奸臣，洗涤朝廷，事成部退，亦误矣。汝取我首献天子，可得富贵。毋为他人利。”林言不忍心杀黄巢，黄巢于是自刎，但是没有成功。林言忍痛斩杀黄巢，连同黄巢兄弟及其妻子，皆“函首，诏书将诣溥”。而太原博野军又杀了林言，与黄巢的首级一起送到时溥那里。
与黄巢被杀和自杀说法相对的是黄巢兵败遁入空门为僧。这种观点认为，起义军失败后，黄巢没有死，他虎口脱险，做了和尚，并得以善终。宋朝劭博在《河南劭氏闻见后录》中曾指出：“唐中和四年六月，时溥以黄巢首上行在者，伪也。东西二都旧老相传，黄巢实不死，其为尚让所急，陷泰山狼虎谷，乃自髡为僧得脱，往投河南尹张全义，故巢党也。各不敢识，但作南禅寺以舍之。”我们从实际的情况分析，如果说林言在狼虎谷杀掉了黄巢，并献其首级到徐州，则两地相距有约五六百华里，即使是快马也要3天路程，而徐州至成都，两地相距三四千里，马不停蹄，日夜兼程，也需要20天。当时又正是酷热的夏天，“函首”恐怕早就腐臭无法辨认了。何况被“函首”的有黄巢兄弟六七人，其中就没有与黄巢状貌类似的吗？这也就难免会出现劭博在《河南劭氏闻见后录》所说的“以黄巢首上行在者，伪也”的情况。而在官修或钦定的史书中，黄巢遁逸得脱之类的事情是绝不敢被直说的，这也正是新、旧唐书和《资治通鉴》等正史的记载所值得怀疑的地方。而我们借助于野史、笔记小说的记载，却往往可以寻找到更符合事实的答案。